在《皇牌空战04 破碎的天空》和《皇牌空战5 未被歌颂的战争》事件结束后的2019年，曾经遭到战火洗礼的尤西亚（Usea）大陆的国家爱尔吉亚联邦共和国（Federal Republic of Erusea）变更国体成为君主政权，改国号为爱尔吉亚王国（The Kingdom of Erusea）。而在尤西亚大陆西方、隔著斯普林海的另一边，欧西亚的超级大国欧西亚联邦（Osean Federation）以发展人类航太事业、帮助尤西亚诸国从陨石Ulysses1994XF04坠落灾难以及该灾难后所爆发的战争中复兴为理由，除了主导成立以欧西亚国防军为主力的国际联合国维和部队（IUN-PKF）进驻尤西亚大陆，还在原爱尔吉亚领土的国际联合国托管地建设了太空轨道电梯“灯塔”（Lighthouse）。
爱尔吉亚皇室谴责欧西亚联邦派兵进驻尤西亚大陆及兴建“灯塔”的行为严重侵犯爱尔吉亚王国的主权，令爱尔吉亚与欧西亚联邦之间的关系趋于紧张。2019年5月，爱尔吉亚皇家军队凭借著新锐科技的加持，以无人机发动闪击战，在几乎没有造成非战斗人员伤亡的情况下攻击并瘫痪了欧西亚联邦在本土与尤西亚的几乎所有军事基地或设施，包括还在造船厂或船坞兴建与维修的航空母舰。同步也出兵攻入托管地占领了“灯塔”，并控制了原本由欧西亚联邦开发的、用于整备及维护“灯塔”超大型无人机－军械巨鸟，并将其改装为“无人航空母机”。如上种种行动让欧西亚联邦派出海军航母战斗群对爱尔吉亚王国首都法班提（Farbanti）进行无差别轰炸以为报复，两国同时互相宣布断交及宣战，被后世称为“灯塔战争”（Lighthouse War）的大战于焉爆发。
在本游戏中，玩家将饰演欧西亚国防空军第508“法师中队”（OADF 508th Squadron "Mage"）的战斗机飞行员“扳机”（Trigger），他原先是作为国际联合国维和部队的一份子转战各地，但在针对“灯塔”的一次突击暨抢救重要人物作战中，因为被指认涉嫌击落重要人物（欧西亚联邦前总统、“灯塔”兴建计划主持人文森·哈林）的座机并致其丧命而遭判刑，发配到番号为第444“后援者”中队（OADF 444th Squadron "Spare"）的空军惩戒部队中服刑，为欧西亚国防军在战争中从事各种非军方公认的困难任务来赎罪。其间，“扳机”因为其座机的垂直尾翅上漆有三道白线，并在战斗中展现出高超的战技，即使面对有著高级人工智慧的无人机也能与之抗衡并全身而退，而逐渐在敌我双方阵营以“三条线”（Three Strike）的名号闻名。随后他受到欧西亚空军新建部队“长程战略打击群”（LRSSG）指挥官的赏识，破格具保延揽入队并任命为打击群麾下其中一个中队的队长，灯塔战争中的“三条线传奇”，就此开始......。